Nằm ở vị trí cửa ngõ phía nam miền Bắc, thành phố Ninh Bình đồng thời là một đầu mối giao thông quan trọng với hệ thống đường thủy, đường bộ và đường sắt phát triển:

Về đường bộ, thành phố Ninh Bình là đầu mối của các dự án đường cao tốc Việt Nam:

• Dự án đường cao tốc Cầu Giẽ - Ninh Bình và Dự án đường cao tốc Ninh Bình - Thanh Hóa;
• Dự án đường cao tốc Ninh Bình - Hải Phòng - Quảng Ninh

Thành phố còn là điểm tụ của 3 Quốc lộ sau:

• Quốc lộ 1A xuyên Việt qua địa bàn Ninh Bình dài 40 km.
• Quốc lộ 10 từ Quảng Ninh qua các tỉnh thành Hải Phòng, Thái Bình, Nam Định tới Thanh Hóa.
• Quốc lộ 38B từ thành phố Hải Dương đến huyện Nho Quan.

Có 2 tuyến Quốc lộ nữa trên địa bàn thành phố là đường nối cảng Ninh Phúc (đường Trần Nhân Tông) và đường Quốc lộ 1A mới (đường Nguyễn Minh Không). Ga Ninh Bình và bến xe khách Ninh Bình đều nằm ở phường Thanh Bình thuộc trung tâm thành phố.

Về giao thông thuỷ, thành phố có cảng Ninh Phúc hiện là cảng sông có quy mô lớn ở miền Bắc đồng thời là một trong những cảng nội địa lớn nhất Việt Nam. Cảng đảm bảo nhận tàu cỡ 3000 DWT cập bến, công suất đạt 2,5 triệu tấn/năm. Cảng nằm dọc bờ hữu sông Đáy thuộc các xã Ninh Phúc (thành phố Ninh Bình) và Khánh Phú, Khánh Hòa (Yên Khánh, Ninh Bình). Cảng Ninh Phúc nằm ở bờ trái sông Đáy, đảm bảo công tác vận tải đường thủy các tuyến giao thông đường thủy Cửa Đáy - Ninh Bình, Ninh Bình - Hà Nội, Ninh Bình - Hải Phòng - Quảng Ninh, Ninh Bình - Thanh Hóa.

Gần Cảng Ninh Phúc là cảng Ninh Bình có công suất đạt 1,6 triệu tấn/năm, đảm bảo cho tàu biển trên 3.000 DWT và 1.000 DWT ra vào thuận lợi. 2 cảng sông này đều nằm trong danh sách cảng sông được ưu tiên đầu tư xây dựng.